Instytut został utworzony po II wojnie światowej przez grupę lekarzy i naukowców skupionych wokół dr Witolda Chodźki (1875-1954), lekarza, uczonego, społecznika oraz pierwszego Ministra Zdrowia Publicznego II Rzeczypospolitej:

Profesora Jana Danielskiego, byłego stypendystę Rockefellera i absolwenta amerykańskiej szkoły zdrowia publicznego, inicjatora pierwszych wiejskich ośrodków zdrowia,

Docenta Józefa Freytaga, byłego st. asystenta Uniwersytetu Jagiellońskiego, długoletniego lekarza społecznika i organizatora służby zdrowia w wyzwolonym Lublinie,

Profesora Jana Brzozowskiego, ucznia Państwowego Zakładu Higieny, w czasie okupacji lekarza wiejskiego,

Profesora Józefa Parnasa, byłego docenta Akademii Medycyny Weterynaryjnej we Lwowie.

Do grona tego należał, w czasie swego pobytu w Lublinie, znany w świecie uczony profesor Ludwik Hirszfeld.

Zadaniem tej placówki było systematyczne rozpoznawanie specyficznych potrzeb zdrowotnych ludności wsi i proponowanie sposobów ich zaspokajania.

W 1951 roku powstaje Zespół Naukowo-Badawczy - Instytut Medycyny Pracy Wsi w Lublinie, będący zalążkiem dzisiejszego Instytutu. Kieruje nim profesor Józef Parnas, do 1964 roku dyrektor Instytutu. Zespół analizuje zagadnienia dotyczące środowiska pracy i środowiska bytowania ludności wiejskiej, stanu zdrowia mieszkańców wsi i leczenia chorób zawodowych.

W 1955 roku Instytut otrzymuje nazwę Instytut Medycyny Pracy i Higieny Wsi (nazwa Instytutu do 1984 roku) i staje się placówką bezpośrednio podległą Ministrowi Zdrowia i Opieki Społecznej, uzyskując w ten sposób samodzielność i osobowość prawną. Otrzymuje również własną siedzibę.

Lubelski Instytut jest jednym z pierwszych tego typu instytutów na świecie, biorąc pod uwagę zadania statutowe, organizację i strukturę. Ma charakter kompleksowy, skupiając specjalistów higieny ogólnej i komunalnej wsi, higieny żywienia i oświaty sanitarnej, higieny pracy ze szczególnym podkreśleniem mechanizacji, chemizacji i zootechniki, antropozoonoz i parazytologii wiejskiej, kliniki chorób zawodowych i chorób specyficznych dla środowiska wiejskiego oraz demografii i organizacji wiejskiej służby zdrowia.

Instytut prowadzi badania naukowe w dziedzinie higieny pracy, higieny ogólnej i komunalnej wsi oraz zwalczania chorób zawodowych występujących w związku z pracą na wsi, a szczególnie w produkcji roślinnej i zwierzęcej, przetwórstwie rolnym oraz w leśnictwie. Instytut dokonuje oceny warunków bytowania ludności wiejskiej, określa ilościowy i jakościowy stan zaopatrzenia wsi w wodę, podnosi zagadnienia prawidłowej asenizacji oraz problem prawidłowej przestrzennej zabudowy wsi, wskazując na konieczność stosowania norm higienicznych w budownictwie wiejskim. W dziedzinie higieny bytowania Instytut opracowuje program działania higienizacji i patronuje społecznemu ruchowi higienizacji wsi.

W 1961 roku Instytut zmienia nazwę na Instytut Medycyny Pracy i Higieny Wsi im. Witolda Chodźki. W 1963 roku Instytut przejmuje wyłączną odpowiedzialność za podyplomowe szkolenie lekarzy wiejskich w zakresie medycyny ogólnej. W latach 1964-1970 Instytutem kieruje prof. dr hab. Henryk Rafalski.

Instytut prowadzi badania w zakresie organizacji ochrony zdrowia ludności wiejskiej i zwalczania chorób najczęściej występujących w środowisku wiejskim, badania w dziedzinie środowiska wiejskiego oraz badania w zakresie ochrony zdrowia pracujących w rolnictwie i leśnictwie, a także w przemyśle rolno-spożywczym.

Badania Instytutu stają się podstawą do wydania decyzji o wprowadzeniu powszechnego ubezpieczenia rolników. Instytut sprawuje nadzór specjalistyczny nad lecznictwem otwartym na wsi i Państwową Inspekcją Sanitarną. Instytut opracowuje model wiejskiego rejonu zapobiegawczo-leczniczego z najważniejszymi zadaniami i metodami działania fachowej kadry rejonu, który staje się podstawą koncepcji sieci wiejskich rejonów zapobiegawczo-leczniczych, wdrażanych przez Ministerstwo Zdrowia i Opieki Społecznej.

Instytut jest współautorem koncepcji ośrodków leczenia ostrych zatruć i na tej podstawie Ministerstwo Zdrowia i Opieki Społecznej powołuje dziewięć Ośrodków Toksykologicznych w Polsce. Zapoczątkowano budowę Ośrodka Szkolenia Lekarzy IMW.

Od kwietnia do października 1970 roku Instytutem kieruje prof. dr hab. Jarosław Billewicz-Stankiewicz. Rozpoczyna działalność Ośrodek Szkolenia Lekarzy IMW. W latach 1970-1974 Instytutem kieruje prof. dr hab. Wiesław Hołobut. Instytut organizuje Wojewódzki Ośrodek Toksykologiczny, będący ośrodkiem leczniczym i informacyjnym w dziedzinie ostrych zatruć. W zakresie medycyny pracy istotnym osiągnięciem jest opracowanie zespołowe dotyczące kompleksowej oceny higienicznej stanowisk roboczych w rolnictwie, przemyśle rolno-spożywczym i leśnictwie.

W latach 1974-1991 pod kierunkiem prof. dr hab. Macieja Latalskiego realizowany jest program charakteryzujący się kompleksowym traktowaniem problemów wiążących się ze stanem zdrowia i organizacja ochrony zdrowia ludności wiejskiej.

U podstaw działania leży dokładne rozpoznanie wszystkich czynników środowiska bytowania i pracy na wsi, rozpoznanie ich wpływu na organizm żyjących i pracujących w tym środowisku rolników, ustalenie mechanizmu powstawania zmian patologicznych wywoływanych czynnikami szkodliwymi, a wreszcie określenie możliwości przeciwdziałania im.

Instytut Medycyny Wsi podejmuje realizację programu inwestycyjnego, obejmującego budowę od podstaw Przychodni Chorób Zawodowych Wsi i Kliniki Chorób Wewnętrznych i Zawodowych. W 1984 roku Instytut zmienia nazwę na Instytut Medycyny Wsi im. Witolda Chodźki. Oddano do użytku II piętro budynku Ośrodka Szkolenia Lekarzy.

W 1987 roku Instytut uzyskuje uprawnienia do nadawania lekarzom stopnia naukowego doktora nauk medycznych.

W latach 1991-1995 Instytutem kierował prof. nadzw. dr hab. n. med. Mirosław Jarosz, kontynuując jego rozbudowę. Powstaje infrastruktura informatyczna. Instytut zostaje włączony do światowej sieci komputerowej. Instytut podpisuje z Kasą Rolniczego Ubezpieczenia Społecznego (KRUS) umowę o współpracy w zakresie prewencji i rehabilitacji. Tworzy się, przy współpracy AM w Lublinie i Uniwersytetem w Manchester, Regionalny Ośrodek Kształcenia Lekarzy Rodzinnych. W roku 1992, po przeprowadzeniu restrukturyzacji, IMW zostaje zakwalifikowany przez Komitet Badań Naukowych do kategorii B.

Następuje intensywny rozwój działalności leczniczej. Uruchomiona zostaje Przychodnia Chorób Zawodowych Wsi IMW. Od 1 lipca 1995 roku dyrektorem Instytutu jest prof. dr hab. Jerzy Zagórski. Uruchomiona zostaje Klinika Chorób Wewnętrznych i Zawodowych IMW. W 1996 roku Komitet Badań Naukowych, biorąc pod uwagę osiągnięcia i perspektywy rozwojowe IMW, przyznaje Instytutowi kategorię A.

W 1998 roku otwarto Regionalny Ośrodek Ostrych Zatruć wraz z Intensywną Terapią. Oddano także do użytku budynek administracyjny, w którym siedzibę znalazła administracja Instytutu. W 1999 roku ukończono budowę auli (sali konferencyjnej z zapleczem) wyposażonej w wysokiej klasy sprzęt audiowizualny oraz przystosowaną do prowadzenia obrad w językach obcych.

Rok 2000 to uzyskanie indeksacji pisma AAEM przez Institute for Scientific Information (ISI) w Filadelfii.

W 2001 roku oddano do eksploatacji Ośrodek Rehabilitacji, wyposażony w sprzęt do fizykoterapii, hydroterapii, kinezyterapii. Kolejne lata to wyposażanie Instytutu w najnowocześniejszy sprzęt diagnostyczny (densytometr, mammograf, ultrasonografy, aparat rentgenowski).

W 2006 roku Instytut uzyskał pierwszą lokatę w kategorii jednostek naukowo-badawczych w dziale "Ochrona Zdrowia" w Polsce.

W dniu 1 października 2006 roku kierownictwo Instytutu obejmuje prof. zw. dr hab. n. med. Leszek Wdowiak, który z dniem 24 sierpnia 2007 roku zostaje dyrektorem Instytutu i pełni obowiązki do 16 lutego 2010 roku.

Od marca do października 2010 roku kierownicwo Instytutu sprawuje dr n. med. Andrzej Horoch.

30 września 2010 roku Instytut osiąga w rankingu Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego kategorię pierwszą i bardzo dobre, drugie miejsce w ocenie parametrycznej w swojej kategorii N7a jednostek naukowych klinicznych.

Od października 2010 roku stanowisko dyrektora Instytutu sprawuje dr n. med. Andrzej Wojtyła.